Инициация проводилась, как и в самурайских семьях, в 15 лет. Тогда юноши и девушки переходили к изучению дзэн-буддизма и сянь-даосизма. Есть предположение, что происхождением своим ниндзя связаны с ямабуси.

Политически ниндзя были вне системы феодальных отношений, они имели свою структуру. Деревни ниндзя были разбросаны по всей стране, но основное средоточие их — лесные окрестности Киото и горные районы Ига и Кога. Иногда кланы ниндзя пополнялись самураями, потерявшими своих покровителей (т. н. ронинами). К 17 в. насчитывалось 70 кланов ниндзя. Самыми могущественными были Ига-рю и Кога-рю. Формирование сословия ниндзя шло параллельно со становлением сословия самураев, но так как последние в силу своей власти стали господствующим классом, то ниндзя никогда не представляли какой-либо значительной военной и политической силы. Они оставались людьми низшего сорта и вне закона. Однако, «демоны ночи», как их называли, наводили ужас на самураев и князей.

Самураю кодекс не позволял наносить удары исподтишка, у ниндзя же таких кодексов не было (имелся, впрочем, свой особый кодекс, накладывающий на их действия и общее поведение определенные требования и запреты), поэтому и боялись их хитрых, коварных, «дьявольских» приемов. Оружием у ниндзя мог быть любой предмет: палка, шарик, брошенный под ноги, серп, нун-тяку, то есть крестьянский цеп, отравленная игла. Если самурайский меч действовал всегда напрямую, то серп выскакивал непременно откуда-то сбоку. Меч ниндзя — «ниндзя-то», прямая катана с квадратной пластинкой на рукоятке, где можно было хранить сюрикены — является мифом, изобретенным испанскими изготовителями памятного оружия в 20 веке[источник?]. Прямое оружие имеет ряд недостатков по сравнению с изогнутыми клинками, кроме того, прямой клинок при обнаружении вызывал много вопросов своей необычностью для Японии[источник?]. Популярным видом метательного оружия ниндзя был сюрикен — заточенная металлическая звездочка. Рукопашным боем ниндзя являлся один из вариантов дзю-дзюцу. Если один из них попадался в руки стражи, то допрашивали его беспощадно.

Ниндзя никогда не убивали крестьян, так как те могли им всегда помочь. Самурай, хозяин крестьянина, мог за неповиновение отрубить ему голову. Ниндзя мог наняться на службу к самураю, но чаще всего это были защитники крестьян.

Моя ЖИЗНЬ - АД!!!. если хочешь чтобы твоя жизнь показалась тебе раем, поживи в моей шкуре хотя бы с неделю и ты поймешь, что в аду на самом деле холодно! Удар за удар, ярость за ярость, смерть за смерть - и все это с извлечением обильной выгоды! Глаз за глаз, зуб за зуб четырехкратно и стократно! Стань Ужасом для противника своего и, идя путем своим, он обретет достаточно опыта, над коим следует поразмыслить. Этим заставишь ты уважать себя во всех проявлениях жизни и дух твой, бессмертный дух твой будет жить не в неосязаемом раю, а в мозгах и сухожилиях тех, чьего уважения ты добился.